Ngày 26/05/2011, PGS.TS. Nguyễn Mạnh Hùng, Hiệu trưởng trường Đại học Nguyễn Tất Thành, đã kí quyết định thành lập Khoa Công nghệ Hóa học và Thực phẩm. Qua quá trình thay đổi để phù hợp với định hướng phát triển của nhà trường, vào tháng 05/2019, Khoa chính thức được đổi tên thành Khoa Kỹ thuật Thực phẩm và Môi trường. Ngày 25/03/2025, Hiệu trưởng đã ký Quyết định số 500/QĐ-NTT về việc thành lập Khoa Khoa học Ứng dụng và Công nghệ dựa trên cơ sở sáp nhập 05 ngành thuộc Viện Ứng dụng Công nghệ và Phát triển Bền vững và 03 ngành thuộc Viện Kỹ thuật Công nghệ cao NTT.

Khoa hiện đào tạo 08 chương trình đại học (Công nghệ Thực phẩm, Công nghệ Kỹ thuật Hóa học, Quản lý Tài nguyên và Môi trường, Khoa học Vật liệu, Hóa dược, Công nghệ Sinh học, Thú y và Khoa học Y sinh). Hiện tại, Khoa có … sinh viên (cập nhật tháng …/2025) theo học. Tổng số giảng viên cơ hữu của Khoa là …, trong đó có … TS, … NCS và … ThS. Khoa có … cán bộ hỗ trợ (… nhân viên phòng thí nghiệm, … kỹ thuật viên, … giáo vụ và … thư ký).